Santa Margherita nacque a Laviano, Perugia, nel  1247. Di umili origini, rimase presto orfana di madre e dall'età di sedici anni visse come concubina con un nobile di Montepulciano, Arsenio del Pecora dei signori di Valiano, dal quale ebbe un figlio.
Nel 1273 Arsenio, venne aggredito e assassinato da un gruppo di briganti. Secondo la tradizione, il suo fedele cane condusse Margherita al suo cadavere sfigurato.
Scacciata col figlio dai familiari dell'amante, rifiutata dal padre e dalla sua nuova moglie, si trovò in misere condizioni, senza un tetto e senza cibo.
Ando' a stabilirsi a Cortona e qui avvenne la sua conversione. Si avvicinò ai francescani, in particolare ai frati Giovanni da Castiglione e Giunta Bevegnati, suoi direttori spirituali e poi biografi: affidò la cura del figlio ai frati minori di Arezzo e nel 1277 entrò nel Terz'Ordine di San Francesco, dedicandosi esclusivamente alla preghiera e alle opere di carità.
Diede vita ad una congregazione di terziarie, dette le Poverelle; fondò nel 1278 un ospedale presso la chiesa di San Basilio e formò la Confraternita di Santa Maria della Misericordia, per le dame che intendevano assistere i poveri ed i malati.
A Cortona mori' il 22 febbraio 1297, ad appena 50 anni.
Nel 1728 è stata proclamata santa da papa Benedetto XIII, divenendo una gloria dell'Ordine Francescano e patrona di Cortona, che da sette secoli custodisce il suo corpo incorrotto.

Il volto di Santa Margherita in una ricostruzione.
	L'Urna che contiene la venerata salma di S. Margherita sul primitivo Altare Maggiore della Basilica. Il corpo della Santa fu trasferito sull'altare maggiore nel 1580
Il venerato crocifisso ligneo, sull'altare di destra del Presbiterio, che tante volte parlò alla Santa. Non si conosce l'autore, ma è una pregevolissima scultura che appartiene alla serie di crocifissi gotico-dolorosi, e risale alla metà del XII secolo.

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